Flores làm việc tại Washington, DC tại Học viện Phát triển Giáo dục từ năm 1995 đến năm 1997. Bà trở về Panama, làm việc tại Cơ quan Quản lý Vùng Viễn liên từ 1995 đến 1997 và Bộ Thương mại và Công nghiệp vào năm 1998 và 1999.

Flores là Giám đốc Điều hành Sáng kiến ​​Kinh doanh của Viện Nghiên cứu Nhiệt đới Smithsonian từ năm 1999 đến năm 2002, và sau đó làm việc cho Quỹ Quốc tế Bảo vệ Thiên nhiên từ năm 2002 đến năm 2006.

Flores là Trợ lý Đại diện cho Quỹ Dân số Liên Hiệp Quốc tại Panama từ năm 2006 đến năm 2014. Bà được bổ nhiệm làm Đại diện thường trực Panama của Liên Hợp Quốc bởi Chủ tịch Juan Carlos Varela vào ngày 4 tháng 9 năm 2014. Bà đồng sáng lập Câu lạc bộ Trẻ em Đại sứ, một mạng lưới mang Đại sứ Liên Hiệp Quốc đến với nhau xung quanh ngày chơi cho con cái của họ. Bà là người ủng hộ bình đẳng giới.[2][3]